Cho cuộc hành quân này, một hạm đội Hải quân triều đình nhanh chóng đước hình thành xung quanh chiếc thiết giáp hạm mới nhận được gần đây Kōtetsu, mua từ Hoa Kỳ. Các tàu khác của triều đình là Kasuga, Hiryū, Teibo, Yoharu, Moshun, được các phiên Saga, Chōshū và Satsuma cung cấp cho chính quyền Meiji mới thành lập năm 1868.

Triều đình non trẻ khởi đầu với hải quân yếu hơn nhiều so với Cộng hòa Ezo, cả về sức mạnh của hạm đội, sự thống nhất (phần lớn tàu được mượn từ các phiên phía Tây) và huấn luyện. Tuy vậy, việc mất 2 tàu lớn của phía Ezo trước trận đánh lớn (Kaiyō Maru and Kanrin Maru), và chủ yếu là, sự xuất hiện của tàu Kōtetsu từ tháng 4 năm 1868 về phe triều đình (một con tàu ban đầu được Mạc phủ Tokugawa đặt hàng, nhưng bị Hoa Kỳ kìm lại trong cuộc chiến chính (do chính sách trung lập của các cường quốc bên ngoài), và cuối cùng được chuyển giao cho chính quyền mới thành lập), đã xoay chuyển tình thế. Thêm vào đó, phe triều đình nhận được sự trợ giúp của hai tàu vận tải do người Mỹ thuê để chuyển chở binh lính.